본 연구는 일반 한우와 제주흑우 원우 및 실용축 (흑한우 또는 한우흑우원우 교잡우)들간의 상대적 유전적 조성을 분석하고 두 품종간에 판별할 수 있는지 여부를 조사하고자 수행하였다. 일반 한우는 KPN종모우 및 경북 암소 352두를 시료로 수집하였고 제주흑우 원우는 제주 축산진흥원, 국립 축산과학원 난지축산연구소 및 제주흑우의 한 농가에서 170두를 선별하였고, 실용축들은 주로 서귀포축협에서 사육되는 개체들을 시료로 선별하였다. 위 시료들은 제주흑우 120K SNP chip으로 대용량 SNP들에 대한 유전자형을 분석하였으며 PCA 및 품종판별비율 분석을 위하여 각각 PLINK (v1.9) 및 ADMIXTURE프로그램을 구동하였다. PCA 분석결과 제주흑우 원종 개체들과 한우 개체들은 뚜렷한 clustering을 형성하였는데 이는 제주흑우 원종은 한우와 차별화 되는 독특한 특징적인 유전적 조성을 가지고 있음을 제시하여 준다. 각 개체별로 제주흑우:한우 두 종들에 대하여 판별비율을 분석한 결과 한우는 거의 모든 개체들이 한우로 판별되는 반면에 제주흑우 원우 개체들은 85~96%의 제주흑우종 일치율을 보였다. 흑한우의 경우 제주흑우:한우 비율이 다양하게 나타났는데 대체적으로 20~80% 제주흑우의 유전적 조성을 지니고 있었다. 이러한 결과는 제주흑우의 독특한 유전적 특성을 바탕으로 한우와 품종 판별 여부 및 한우 : 제주흑우 유전적 종 비율을 예측할 수 있는 유전적 근거를 제시하여 준다.