본 연구는 모색 관련 유전자인 MC!R을 대상으로 제주흑우와 한우간의 유전적 조성을 분석하고 두 품종간에 해당유전자의 SNP 대립인자들의 빈도 차이 여부를 조사하고자 수행하였다. 제주흑우 703두와 한우 352두를 대상으로 제주흑우 품종 특이 SNP chip을 통해 SNP들의 유전자형을 분석하였고 그 중에 18번 염색체에 위치한 MC!R 유전자에 위치하는 SNP들 중에서 168개를 선별하여 두 집단 간의 SNP 대립인자 빈도를 계산하였다. 168개 SNP들 중에서 미국 국립생물정보센터 사이트를 통해 146개 SNP들이 missense임을 확인하였고, 두 품종간 대립유전자 빈도차가 0.9 이상인 것은 9개 SNP로 나타났으며, 이 중 6개 SNP들이 품종고정을 나타내었다. 두 품종간 대립인자가 고정되어 있는 6개 SNP들 중에서 5개는 missense였고, 나머지 1개 SNP는 not missense 임을 확인하였다. MC1R의 up & down stream 2Mb 위치 내에서 또 다른 211 SNP를 발굴하였는데, 이 SNP들과 MC1R 유전자 내부의 168개의 SNP들과 연관불균형정도를 측정하였다. MC1R 내부의 168개 SNP들 중 두 품종 간의 대립유전자 빈도차가 0.9 이상인 9개의 SNP를 대상으로 LD 값이 0.9 이상인 MC1R 외부의 SNP 마커는 총 17개이며, 이 중 LD 값이 0.95 이상인 10개 SNP를 발굴하였다 .이러한 결과는 모색 유전자를 기반으로 제주흑우와 한우간의 품종을 판별할 수 있는 유전적 원청 정보를 제공하여 줄 것이다.