본 연구는 제주흑우집단의 유전적 특성을 규명하고자 고밀도 대용량 SNP chip을 이용하여 연관불균형, 유효집단크기추정 및 근친도 분석을 내륙 한우와 국내 홀스타인종 집단과 함께 비교 분석을 수행하였다. 제주흑우원우, 경북소재 한우 및 홀스타인종 시료 각각 338, 708 및 642두를 이용하여 Illumina bovinc 50K SNP chip과 제주흑우 품종 특이 (JJBC 120K) SNP chip으로 유전자형을 분석하였다. r2를 이용한 연관불균형 분석 결과, 제주흑우종은 r2=0.2를 도달하는 평균 SNP간 거리는 20~30kb으로 나타나 경북한우와 홀스타인종의 중간정도 크기의 연관불균형을 나타내었다. 13 세대전의 유효집단크기는 101두로 나타나 경북한우 (406두) 및 홀스타인 (161두)보다 더 적게 추정되었고, 근친 위험도의 임계점인 근친계수값이 0.05이상으로 나타나는 두수의 비율은 20%로 한우 (2.2%) 및 홀스타인 (5.9%)보다 훨씬 높게 나타났다. 이러한 결과는 제주흑우 개체들의 근친퇴화를 방지하기 위해서는 근친을 피하는 계획교배 수행의 중요성을 제시하여 준다.