본 연구는 내륙 일반 한우와 제주흑우 원우 및 실용축들 간의 상대적 유전적 조성을 분석하고 제주흑우 품종이 다른 품종들과 차별화되는 유전적 조성을 구성하고 있는지 조사하고자 수행하였다. 일반 한우는 KPN 종모우 및 경북 한우 암소 352두를 시료로 수집하였고 제주흑우 원우는 제주 축산진흥원, 국립 축산과학원 난지축산연구소 및 제주흑우의 한 농가에서 170두를 선별하였고, 실용축들은 서귀포축협을 포함한 제주흑우를 사육하는 약 20농가에서 1288두를 선별하였다. 또한 제주도 소재 한우로 혈통 등록된 427두들도 선별하였으며 미국 및 호주의 주요 사육품종인 앵거스, 브라만, 헤어포드 및 넬로어 종 120두를 대상으로 제주흑우 120K SNP chip에 포함되어 있는 SNP들에 대한 유전자형을 분석하였으며 PCA 및 품종판별비율 분석을 위하여 각각 PLINK (v1.9) 및 ADMIXTURE 프로그램을 구동하였다. 

PCA 분석결과 내륙 한우개체들은 뚜렷한 군집현장을 보인 반면에 제주흑우 개체들은 세 개 그룹으로 분류되어 한 그룹은 제주한우개체들과 가까이 위치하는 clustering을 형성하였다. 또한 제주흑우 실용축들은 다른 품종과 달리 군집의 넓게 퍼짐현상을 보여 품종의 균일성이 결여되어 있었다. 각 개체별로 제주흑우: 한우 두 종들에 대하여 판별비율을 분석한 결과 내륙 (경북)한우는 거의 모든 개체들이 한우로 판별되는 반면에 제주소재 한우는 거의 대부분 개체들이 제주흑우 원우의 유전적 조성을 지니고 있었으며, 실용축의 경우 제주흑우:한우 비율이 매우 다양하게 나타났다. 이러한 결과는 내륙한우와 차별화 되는 제주소재 한우의 유전적 특성과 제주 흑한우 유전적 특성의 균일화 필요성을 제시하여 준다.