본 연구는 제주흑우 품종의 유래를 밝히고자 고밀도 대용량 SNP chip을 이용하여 유전전 phylogeny tree 분석을 수행하였다. 제주흑우, 한우 및 칡소 품종을 포함한 전 세계적으로 상용적으로 이용되고 있는 51개 소 품종에 대하여 1,578두의 시료를 Illumina bovine 50K SNP chip과 제주흑우 품종 특이 SNP chip으로 유전자형을 분석하였으며, 두 SNP chip들에서 공통적으로 유용한 SNP 30,702개를 활용하였다. PCA 분석을 위하여 PLINK (v1.9)를, phylogenic tree 분석을 위하여 PORTREE & MEGA 프로그램을 각각 적용하였다. 분석결과, 제주흑우종은 한우 & 칡소종과 동일 분자에서 유전적으로 분화 되었으며, 일본 흑모화우종은 한국품종들과 그 위대 분지에서 분화를 형성하였고, 일본 갈색화우종은 일본흑모화우 & 제주흑우 & 한우 & 칡소 종들과 그 위대 분지에서 분화를 형성하였다. 이러한 결과는 제주흑우종이 제주도의 환경에 적합한 독특한 특성을 지니도록 유전적으로 진화 되어 왔으며 일본 흑모화우종은 일본 갈색화우종보다 한국의 소품종들과 더 가까운 유전적 거리를 가지고 진화되어 있음을 제시하여 준다.